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氨基酸的疏水性可以通过其在蛋白质结构中的表现来推断，非极性氨基酸（如丙氨酸、缬氨酸等）被认为是疏水的，因为它们与水分子之间的相互作用较弱，相反，极性氨基酸（如丝氨酸、谷氨酸等）通常被认为是亲水的，因为它们与水分子之间的相互作用较强，以下是一个简单的氨基酸疏水性的表格：
| 氨基酸名称 | 缩写 | 疏水性（大致） |
| 甘氨酸 | Gly (G) | 中等至亲水 |
| 丙氨酸 | Ala (A) | 疏水 |
| 缬氨酸 | Val (V) | 疏水 |
| 亮氨酸 | Leu (L) | 疏水 |
| 异亮氨酸 | Ile (I) | 疏水 |
| 脯氨酸 | Pro (P) | 中等疏水性 |
| 丝氨酸 | Ser (S) | 亲水 |
| 半胱氨酸 | Cys (C) | 亲水（含有硫醚基） |
| 甲硫氨酸 | Met (M) | 疏水（含有甲基） |
| 天冬氨酸和谷氨酸（带电荷） | Asp/Glu | 亲水（带负电荷） |
| 苯丙氨酸和酪氨酸（芳香族） | Phe/Tyr | 疏水但具有一定极性（芳香族特性） |
| 色氨酸和组氨酸（特殊） | Trp/His | 具有特殊性质（色氨酸含有芳香环，组氨酸含有咪唑基团）并具有一定程度的疏水性。 |
氨基酸的疏水性可以通过实验测定，例如使用油水界面上的氨基酸膜来测量其疏水性，这种测量通常会产生一个具体的数值，称为疏水指数或疏水性参数，用于量化每个氨基酸的疏水性程度，这些数值可以帮助科学家更好地理解蛋白质的结构和功能，以及蛋白质如何与其他分子相互作用，请注意，这些表格和数值只是大致的估计值，具体的疏水性可能因环境和其他因素而有所不同。
